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66c886d546
freebsd-ports/biology/p5-bioperl/Makefile
Andrej Zverev b62e166e01 - Avoid of using SITE_PERL 
- Remove depend on DB_File.pm since it part of perl distribution

PR:		ports/178877
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2013-06-07 06:51:42 +00:00

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31 KiB
Makefile
Raw Blame History

# Created by: Johann Visagie <johann@egenetics.com>
# $FreeBSD$
PORTNAME= bioperl
PORTVERSION= 1.6.1
PORTREVISION= 4
CATEGORIES= biology perl5
MASTER_SITES= http://bioperl.org/DIST/ \
CPAN
PKGNAMEPREFIX= p5-
DISTNAME= BioPerl-${PORTVERSION}
MAINTAINER= wen@FreeBSD.org
COMMENT= A collection of Perl modules for bioinformatics
BUILD_DEPENDS= p5-Text-Tabs+Wrap>=0:${PORTSDIR}/textproc/p5-Text-Tabs+Wrap \
p5-Bio-ASN1-EntrezGene>=0:${PORTSDIR}/biology/p5-Bio-ASN1-EntrezGene \
p5-Class-AutoClass>=0:${PORTSDIR}/devel/p5-Class-AutoClass \
p5-Data-Stag>=0:${PORTSDIR}/devel/p5-Data-Stag \
p5-Data-Stag>=0:${PORTSDIR}/devel/p5-Data-Stag \
p5-Data-Stag>=0:${PORTSDIR}/devel/p5-Data-Stag \
p5-GD-SVG>=0:${PORTSDIR}/graphics/p5-GD-SVG \
p5-Graph>=0:${PORTSDIR}/math/p5-Graph \
p5-libwww>=0:${PORTSDIR}/www/p5-libwww \
p5-IO-stringy>=0:${PORTSDIR}/devel/p5-IO-stringy \
p5-IO-String>=0:${PORTSDIR}/devel/p5-IO-String \
p5-libwww>=0:${PORTSDIR}/www/p5-libwww \
p5-SOAP-Lite>=0:${PORTSDIR}/net/p5-SOAP-Lite \
p5-SVG>=0:${PORTSDIR}/textproc/p5-SVG \
p5-SVG-Graph>=0:${PORTSDIR}/graphics/p5-SVG-Graph \
p5-Text-Shellwords>=0:${PORTSDIR}/textproc/p5-Text-Shellwords \
p5-XML-DOM>=0:${PORTSDIR}/textproc/p5-XML-DOM \
p5-XML-DOM-XPath>=0:${PORTSDIR}/textproc/p5-XML-DOM-XPath \
p5-libxml>=0:${PORTSDIR}/textproc/p5-libxml \
p5-XML-SAX>=0:${PORTSDIR}/textproc/p5-XML-SAX \
p5-XML-SAX>=0:${PORTSDIR}/textproc/p5-XML-SAX \
p5-XML-SAX-Writer>=0:${PORTSDIR}/textproc/p5-XML-SAX-Writer \
p5-XML-Twig>=0:${PORTSDIR}/textproc/p5-XML-Twig \
p5-XML-Writer>=0:${PORTSDIR}/textproc/p5-XML-Writer \
p5-AcePerl>=0:${PORTSDIR}/biology/p5-AcePerl \
p5-Clone>=0:${PORTSDIR}/devel/p5-Clone \
p5-DBD-mysql>=0:${PORTSDIR}/databases/p5-DBD-mysql \
p5-GD>=0:${PORTSDIR}/graphics/p5-GD \
p5-HTML-Parser>=0:${PORTSDIR}/www/p5-HTML-Parser \
p5-HTML-Parser>=0:${PORTSDIR}/www/p5-HTML-Parser \
p5-XML-Parser>=0:${PORTSDIR}/textproc/p5-XML-Parser \
p5-Spreadsheet-ParseExcel>=0:${PORTSDIR}/textproc/p5-Spreadsheet-ParseExcel \
p5-Convert-Binary-C>=0:${PORTSDIR}/converters/p5-Convert-Binary-C \
p5-Algorithm-Munkres>=0:${PORTSDIR}/math/p5-Algorithm-Munkres \
p5-Array-Compare>=0:${PORTSDIR}/misc/p5-Array-Compare \
p5-GraphViz>=0:${PORTSDIR}/graphics/p5-GraphViz \
p5-Math-Random>=0:${PORTSDIR}/math/p5-Math-Random \
p5-PostScript>=0:${PORTSDIR}/print/p5-PostScript \
p5-Set-Scalar>=0:${PORTSDIR}/devel/p5-Set-Scalar \
p5-URI>=0:${PORTSDIR}/net/p5-URI
RUN_DEPENDS:= ${BUILD_DEPENDS}
#CONFLICTS= p5-bioperl-1.[13579]*
PERL_MODBUILD= YES
MAN1= bp_aacomp.pl.1 \
bp_biblio.pl.1 \
bp_biofetch_genbank_proxy.pl.1 \
bp_bioflat_index.pl.1 \
bp_biogetseq.pl.1 \
bp_blast2tree.pl.1 \
bp_bulk_load_gff.pl.1 \
bp_chaos_plot.pl.1 \
bp_classify_hits_kingdom.pl.1 \
bp_composite_LD.pl.1 \
bp_dbsplit.pl.1 \
bp_download_query_genbank.pl.1 \
bp_einfo.pl.1 \
bp_extract_feature_seq.pl.1 \
bp_fast_load_gff.pl.1 \
bp_fastam9_to_table.pl.1 \
bp_fetch.pl.1 \
bp_filter_search.pl.1 \
bp_flanks.pl.1 \
bp_gccalc.pl.1 \
bp_genbank2gff.pl.1 \
bp_genbank2gff3.pl.1 \
bp_generate_histogram.pl.1 \
bp_heterogeneity_test.pl.1 \
bp_hivq.pl.1 \
bp_hmmer_to_table.pl.1 \
bp_index.pl.1 \
bp_load_gff.pl.1 \
bp_local_taxonomydb_query.pl.1 \
bp_make_mrna_protein.pl.1 \
bp_mask_by_search.pl.1 \
bp_meta_gff.pl.1 \
bp_mrtrans.pl.1 \
bp_mutate.pl.1 \
bp_nexus2nh.pl.1 \
bp_nrdb.pl.1 \
bp_oligo_count.pl.1 \
bp_pairwise_kaks.pl.1 \
bp_parse_hmmsearch.pl.1 \
bp_process_gadfly.pl.1 \
bp_process_sgd.pl.1 \
bp_process_wormbase.pl.1 \
bp_query_entrez_taxa.pl.1 \
bp_remote_blast.pl.1 \
bp_revtrans-motif.pl.1 \
bp_search2BSML.pl.1 \
bp_search2alnblocks.pl.1 \
bp_search2gff.pl.1 \
bp_search2table.pl.1 \
bp_search2tribe.pl.1 \
bp_seq_length.pl.1 \
bp_seqconvert.pl.1 \
bp_seqret.pl.1 \
bp_seqretsplit.pl.1 \
bp_split_seq.pl.1 \
bp_sreformat.pl.1 \
bp_taxid4species.pl.1 \
bp_taxonomy2tree.pl.1 \
bp_translate_seq.pl.1 \
bp_tree2pag.pl.1 \
bp_unflatten_seq.pl.1
MAN3= Bio::Align::AlignI.3 \
Bio::Align::DNAStatistics.3 \
Bio::Align::PairwiseStatistics.3 \
Bio::Align::ProteinStatistics.3 \
Bio::Align::StatisticsI.3 \
Bio::Align::Utilities.3 \
Bio::AlignIO.3 \
Bio::AlignIO::Handler::GenericAlignHandler.3 \
Bio::AlignIO::arp.3 \
Bio::AlignIO::bl2seq.3 \
Bio::AlignIO::clustalw.3 \
Bio::AlignIO::emboss.3 \
Bio::AlignIO::fasta.3 \
Bio::AlignIO::largemultifasta.3 \
Bio::AlignIO::maf.3 \
Bio::AlignIO::mase.3 \
Bio::AlignIO::mega.3 \
Bio::AlignIO::meme.3 \
Bio::AlignIO::metafasta.3 \
Bio::AlignIO::msf.3 \
Bio::AlignIO::nexus.3 \
Bio::AlignIO::pfam.3 \
Bio::AlignIO::phylip.3 \
Bio::AlignIO::po.3 \
Bio::AlignIO::proda.3 \
Bio::AlignIO::prodom.3 \
Bio::AlignIO::psi.3 \
Bio::AlignIO::selex.3 \
Bio::AlignIO::stockholm.3 \
Bio::AlignIO::xmfa.3 \
Bio::AnalysisI.3 \
Bio::AnalysisParserI.3 \
Bio::AnalysisResultI.3 \
Bio::AnnotatableI.3 \
Bio::Annotation::AnnotationFactory.3 \
Bio::Annotation::Collection.3 \
Bio::Annotation::Comment.3 \
Bio::Annotation::DBLink.3 \
Bio::Annotation::OntologyTerm.3 \
Bio::Annotation::Reference.3 \
Bio::Annotation::Relation.3 \
Bio::Annotation::SimpleValue.3 \
Bio::Annotation::StructuredValue.3 \
Bio::Annotation::TagTree.3 \
Bio::Annotation::Target.3 \
Bio::Annotation::Tree.3 \
Bio::Annotation::TypeManager.3 \
Bio::AnnotationCollectionI.3 \
Bio::AnnotationI.3 \
Bio::Assembly::Contig.3 \
Bio::Assembly::ContigAnalysis.3 \
Bio::Assembly::IO.3 \
Bio::Assembly::IO::ace.3 \
Bio::Assembly::IO::phrap.3 \
Bio::Assembly::IO::tigr.3 \
Bio::Assembly::Scaffold.3 \
Bio::Assembly::ScaffoldI.3 \
Bio::Assembly::Singlet.3 \
Bio::Assembly::Tools::ContigSpectrum.3 \
Bio::Biblio.3 \
Bio::Biblio::Article.3 \
Bio::Biblio::BiblioBase.3 \
Bio::Biblio::Book.3 \
Bio::Biblio::BookArticle.3 \
Bio::Biblio::IO.3 \
Bio::Biblio::IO::medline2ref.3 \
Bio::Biblio::IO::medlinexml.3 \
Bio::Biblio::IO::pubmed2ref.3 \
Bio::Biblio::IO::pubmedxml.3 \
Bio::Biblio::Journal.3 \
Bio::Biblio::JournalArticle.3 \
Bio::Biblio::MedlineArticle.3 \
Bio::Biblio::MedlineBook.3 \
Bio::Biblio::MedlineBookArticle.3 \
Bio::Biblio::MedlineJournal.3 \
Bio::Biblio::MedlineJournalArticle.3 \
Bio::Biblio::Organisation.3 \
Bio::Biblio::Patent.3 \
Bio::Biblio::Person.3 \
Bio::Biblio::Proceeding.3 \
Bio::Biblio::Provider.3 \
Bio::Biblio::PubmedArticle.3 \
Bio::Biblio::PubmedBookArticle.3 \
Bio::Biblio::PubmedJournalArticle.3 \
Bio::Biblio::Ref.3 \
Bio::Biblio::Service.3 \
Bio::Biblio::TechReport.3 \
Bio::Biblio::Thesis.3 \
Bio::Biblio::WebResource.3 \
Bio::Cluster::ClusterFactory.3 \
Bio::Cluster::FamilyI.3 \
Bio::Cluster::SequenceFamily.3 \
Bio::Cluster::UniGene.3 \
Bio::Cluster::UniGeneI.3 \
Bio::ClusterI.3 \
Bio::ClusterIO.3 \
Bio::ClusterIO::dbsnp.3 \
Bio::ClusterIO::unigene.3 \
Bio::CodonUsage::IO.3 \
Bio::CodonUsage::Table.3 \
Bio::Coordinate::Chain.3 \
Bio::Coordinate::Collection.3 \
Bio::Coordinate::ExtrapolatingPair.3 \
Bio::Coordinate::GeneMapper.3 \
Bio::Coordinate::Graph.3 \
Bio::Coordinate::MapperI.3 \
Bio::Coordinate::Pair.3 \
Bio::Coordinate::Result.3 \
Bio::Coordinate::Result::Gap.3 \
Bio::Coordinate::Result::Match.3 \
Bio::Coordinate::ResultI.3 \
Bio::Coordinate::Utils.3 \
Bio::DB::Ace.3 \
Bio::DB::Biblio::biofetch.3 \
Bio::DB::Biblio::eutils.3 \
Bio::DB::Biblio::soap.3 \
Bio::DB::BiblioI.3 \
Bio::DB::BioFetch.3 \
Bio::DB::CUTG.3 \
Bio::DB::DBFetch.3 \
Bio::DB::EMBL.3 \
Bio::DB::EUtilities.3 \
Bio::DB::EntrezGene.3 \
Bio::DB::Expression.3 \
Bio::DB::Expression::geo.3 \
Bio::DB::Failover.3 \
Bio::DB::Fasta.3 \
Bio::DB::FileCache.3 \
Bio::DB::Flat.3 \
Bio::DB::Flat::BDB.3 \
Bio::DB::Flat::BDB::embl.3 \
Bio::DB::Flat::BDB::fasta.3 \
Bio::DB::Flat::BDB::genbank.3 \
Bio::DB::Flat::BDB::swiss.3 \
Bio::DB::Flat::BinarySearch.3 \
Bio::DB::GFF.3 \
Bio::DB::GFF::Adaptor::ace.3 \
Bio::DB::GFF::Adaptor::berkeleydb.3 \
Bio::DB::GFF::Adaptor::berkeleydb::iterator.3 \
Bio::DB::GFF::Adaptor::biofetch.3 \
Bio::DB::GFF::Adaptor::biofetch_oracle.3 \
Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi.3 \
Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::caching_handle.3 \
Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::iterator.3 \
Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::mysql.3 \
Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::mysqlace.3 \
Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::mysqlcmap.3 \
Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::mysqlopt.3 \
Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::oracle.3 \
Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::oracleace.3 \
Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::pg.3 \
Bio::DB::GFF::Adaptor::dbi::pg_fts.3 \
Bio::DB::GFF::Adaptor::memory.3 \
Bio::DB::GFF::Adaptor::memory::feature_serializer.3 \
Bio::DB::GFF::Adaptor::memory::iterator.3 \
Bio::DB::GFF::Aggregator.3 \
Bio::DB::GFF::Aggregator::alignment.3 \
Bio::DB::GFF::Aggregator::clone.3 \
Bio::DB::GFF::Aggregator::coding.3 \
Bio::DB::GFF::Aggregator::gene.3 \
Bio::DB::GFF::Aggregator::match.3 \
Bio::DB::GFF::Aggregator::none.3 \
Bio::DB::GFF::Aggregator::orf.3 \
Bio::DB::GFF::Aggregator::processed_transcript.3 \
Bio::DB::GFF::Aggregator::so_transcript.3 \
Bio::DB::GFF::Aggregator::transcript.3 \
Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_acembly.3 \
Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_ensgene.3 \
Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_genscan.3 \
Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_refgene.3 \
Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_sanger22.3 \
Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_sanger22pseudo.3 \
Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_softberry.3 \
Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_twinscan.3 \
Bio::DB::GFF::Aggregator::ucsc_unigene.3 \
Bio::DB::GFF::Featname.3 \
Bio::DB::GFF::Feature.3 \
Bio::DB::GFF::Homol.3 \
Bio::DB::GFF::RelSegment.3 \
Bio::DB::GFF::Segment.3 \
Bio::DB::GFF::Typename.3 \
Bio::DB::GFF::Util::Binning.3 \
Bio::DB::GFF::Util::Rearrange.3 \
Bio::DB::GenBank.3 \
Bio::DB::GenPept.3 \
Bio::DB::GenericWebAgent.3 \
Bio::DB::HIV.3 \
Bio::DB::HIV::HIVAnnotProcessor.3 \
Bio::DB::HIV::HIVQueryHelper.3 \
Bio::DB::InMemoryCache.3 \
Bio::DB::LocationI.3 \
Bio::DB::MeSH.3 \
Bio::DB::NCBIHelper.3 \
Bio::DB::Qual.3 \
Bio::DB::Query::GenBank.3 \
Bio::DB::Query::HIVQuery.3 \
Bio::DB::Query::WebQuery.3 \
Bio::DB::QueryI.3 \
Bio::DB::RandomAccessI.3 \
Bio::DB::RefSeq.3 \
Bio::DB::ReferenceI.3 \
Bio::DB::Registry.3 \
Bio::DB::SeqFeature.3 \
Bio::DB::SeqFeature::NormalizedFeature.3 \
Bio::DB::SeqFeature::NormalizedFeatureI.3 \
Bio::DB::SeqFeature::NormalizedTableFeatureI.3 \
Bio::DB::SeqFeature::Segment.3 \
Bio::DB::SeqFeature::Store.3 \
Bio::DB::SeqFeature::Store::DBI::Iterator.3 \
Bio::DB::SeqFeature::Store::DBI::mysql.3 \
Bio::DB::SeqFeature::Store::DBI::Pg.3 \
Bio::DB::SeqFeature::Store::DBI::SQLite.3 \
Bio::DB::SeqFeature::Store::berkeleydb3.3 \
Bio::DB::SeqFeature::Store::FeatureFileLoader.3 \
Bio::DB::SeqFeature::Store::GFF2Loader.3 \
Bio::DB::SeqFeature::Store::GFF3Loader.3 \
Bio::DB::SeqFeature::Store::LoadHelper.3 \
Bio::DB::SeqFeature::Store::Loader.3 \
Bio::DB::SeqFeature::Store::bdb.3 \
Bio::DB::SeqFeature::Store::berkeleydb.3 \
Bio::DB::SeqFeature::Store::memory.3 \
Bio::DB::SeqHound.3 \
Bio::DB::SeqI.3 \
Bio::DB::SeqVersion.3 \
Bio::DB::SeqVersion::gi.3 \
Bio::DB::SwissProt.3 \
Bio::DB::TFBS.3 \
Bio::DB::TFBS::transfac_pro.3 \
Bio::DB::Taxonomy.3 \
Bio::DB::Taxonomy::entrez.3 \
Bio::DB::Taxonomy::flatfile.3 \
Bio::DB::Taxonomy::list.3 \
Bio::DB::Universal.3 \
Bio::DB::UpdateableSeqI.3 \
Bio::DB::WebDBSeqI.3 \
Bio::DBLinkContainerI.3 \
Bio::Das::FeatureTypeI.3 \
Bio::Das::SegmentI.3 \
Bio::DasI.3 \
Bio::DescribableI.3 \
Bio::Event::EventGeneratorI.3 \
Bio::Event::EventHandlerI.3 \
Bio::Expression::Contact.3 \
Bio::Expression::DataSet.3 \
Bio::Expression::FeatureGroup.3 \
Bio::Expression::FeatureGroup::FeatureGroupMas50.3 \
Bio::Expression::FeatureI.3 \
Bio::Expression::FeatureSet::FeatureSetMas50.3 \
Bio::Expression::Platform.3 \
Bio::Expression::ProbeI.3 \
Bio::Expression::Sample.3 \
Bio::Factory::AnalysisI.3 \
Bio::Factory::ApplicationFactoryI.3 \
Bio::Factory::DriverFactory.3 \
Bio::Factory::FTLocationFactory.3 \
Bio::Factory::LocationFactoryI.3 \
Bio::Factory::MapFactoryI.3 \
Bio::Factory::ObjectBuilderI.3 \
Bio::Factory::ObjectFactory.3 \
Bio::Factory::ObjectFactoryI.3 \
Bio::Factory::SeqAnalysisParserFactory.3 \
Bio::Factory::SeqAnalysisParserFactoryI.3 \
Bio::Factory::SequenceFactoryI.3 \
Bio::Factory::SequenceProcessorI.3 \
Bio::Factory::SequenceStreamI.3 \
Bio::Factory::TreeFactoryI.3 \
Bio::FeatureHolderI.3 \
Bio::FeatureIO.3 \
Bio::FeatureIO::bed.3 \
Bio::FeatureIO::gff.3 \
Bio::FeatureIO::gtf.3 \
Bio::FeatureIO::interpro.3 \
Bio::FeatureIO::ptt.3 \
Bio::FeatureIO::vecscreen_simple.3 \
Bio::HandlerBaseI.3 \
Bio::IdCollectionI.3 \
Bio::IdentifiableI.3 \
Bio::Index::Abstract.3 \
Bio::Index::AbstractSeq.3 \
Bio::Index::Blast.3 \
Bio::Index::BlastTable.3 \
Bio::Index::EMBL.3 \
Bio::Index::Fasta.3 \
Bio::Index::Fastq.3 \
Bio::Index::GenBank.3 \
Bio::Index::Hmmer.3 \
Bio::Index::Qual.3 \
Bio::Index::Stockholm.3 \
Bio::Index::SwissPfam.3 \
Bio::Index::Swissprot.3 \
Bio::LiveSeq::AARange.3 \
Bio::LiveSeq::Chain.3 \
Bio::LiveSeq::ChainI.3 \
Bio::LiveSeq::DNA.3 \
Bio::LiveSeq::Exon.3 \
Bio::LiveSeq::Gene.3 \
Bio::LiveSeq::IO::BioPerl.3 \
Bio::LiveSeq::IO::Loader.3 \
Bio::LiveSeq::Intron.3 \
Bio::LiveSeq::Mutation.3 \
Bio::LiveSeq::Mutator.3 \
Bio::LiveSeq::Prim_Transcript.3 \
Bio::LiveSeq::Range.3 \
Bio::LiveSeq::Repeat_Region.3 \
Bio::LiveSeq::Repeat_Unit.3 \
Bio::LiveSeq::SeqI.3 \
Bio::LiveSeq::Transcript.3 \
Bio::LiveSeq::Translation.3 \
Bio::LocatableSeq.3 \
Bio::Location::Atomic.3 \
Bio::Location::AvWithinCoordPolicy.3 \
Bio::Location::CoordinatePolicyI.3 \
Bio::Location::Fuzzy.3 \
Bio::Location::FuzzyLocationI.3 \
Bio::Location::NarrowestCoordPolicy.3 \
Bio::Location::Simple.3 \
Bio::Location::Split.3 \
Bio::Location::SplitLocationI.3 \
Bio::Location::WidestCoordPolicy.3 \
Bio::LocationI.3 \
Bio::Map::Clone.3 \
Bio::Map::Contig.3 \
Bio::Map::CytoMap.3 \
Bio::Map::CytoMarker.3 \
Bio::Map::CytoPosition.3 \
Bio::Map::EntityI.3 \
Bio::Map::FPCMarker.3 \
Bio::Map::Gene.3 \
Bio::Map::GeneMap.3 \
Bio::Map::GenePosition.3 \
Bio::Map::GeneRelative.3 \
Bio::Map::LinkageMap.3 \
Bio::Map::LinkagePosition.3 \
Bio::Map::MapI.3 \
Bio::Map::Mappable.3 \
Bio::Map::MappableI.3 \
Bio::Map::Marker.3 \
Bio::Map::MarkerI.3 \
Bio::Map::Microsatellite.3 \
Bio::Map::OrderedPosition.3 \
Bio::Map::OrderedPositionWithDistance.3 \
Bio::Map::Physical.3 \
Bio::Map::Position.3 \
Bio::Map::PositionHandler.3 \
Bio::Map::PositionHandlerI.3 \
Bio::Map::PositionI.3 \
Bio::Map::PositionWithSequence.3 \
Bio::Map::Prediction.3 \
Bio::Map::Relative.3 \
Bio::Map::RelativeI.3 \
Bio::Map::SimpleMap.3 \
Bio::Map::TranscriptionFactor.3 \
Bio::MapIO.3 \
Bio::MapIO::fpc.3 \
Bio::MapIO::mapmaker.3 \
Bio::Matrix::Generic.3 \
Bio::Matrix::IO.3 \
Bio::Matrix::IO::mlagan.3 \
Bio::Matrix::IO::phylip.3 \
Bio::Matrix::IO::scoring.3 \
Bio::Matrix::MatrixI.3 \
Bio::Matrix::Mlagan.3 \
Bio::Matrix::PSM::IO.3 \
Bio::Matrix::PSM::IO::mast.3 \
Bio::Matrix::PSM::IO::masta.3 \
Bio::Matrix::PSM::IO::meme.3 \
Bio::Matrix::PSM::IO::psiblast.3 \
Bio::Matrix::PSM::IO::transfac.3 \
Bio::Matrix::PSM::InstanceSite.3 \
Bio::Matrix::PSM::InstanceSiteI.3 \
Bio::Matrix::PSM::ProtMatrix.3 \
Bio::Matrix::PSM::ProtPsm.3 \
Bio::Matrix::PSM::Psm.3 \
Bio::Matrix::PSM::PsmHeader.3 \
Bio::Matrix::PSM::PsmHeaderI.3 \
Bio::Matrix::PSM::PsmI.3 \
Bio::Matrix::PSM::SiteMatrix.3 \
Bio::Matrix::PSM::SiteMatrixI.3 \
Bio::Matrix::PhylipDist.3 \
Bio::Matrix::Scoring.3 \
Bio::MolEvol::CodonModel.3 \
Bio::Ontology::DocumentRegistry.3 \
Bio::Ontology::GOterm.3 \
Bio::Ontology::InterProTerm.3 \
Bio::Ontology::OBOEngine.3 \
Bio::Ontology::OBOterm.3 \
Bio::Ontology::Ontology.3 \
Bio::Ontology::OntologyEngineI.3 \
Bio::Ontology::OntologyI.3 \
Bio::Ontology::OntologyStore.3 \
Bio::Ontology::Path.3 \
Bio::Ontology::PathI.3 \
Bio::Ontology::Relationship.3 \
Bio::Ontology::RelationshipFactory.3 \
Bio::Ontology::RelationshipI.3 \
Bio::Ontology::RelationshipType.3 \
Bio::Ontology::SimpleGOEngine::GraphAdaptor.3 \
Bio::Ontology::SimpleGOEngine::GraphAdaptor02.3 \
Bio::Ontology::SimpleOntologyEngine.3 \
Bio::Ontology::Term.3 \
Bio::Ontology::TermFactory.3 \
Bio::Ontology::TermI.3 \
Bio::OntologyIO.3 \
Bio::OntologyIO::Handlers::BaseSAXHandler.3 \
Bio::OntologyIO::Handlers::InterProHandler.3 \
Bio::OntologyIO::Handlers::InterPro_BioSQL_Handler.3 \
Bio::OntologyIO::InterProParser.3 \
Bio::OntologyIO::dagflat.3 \
Bio::OntologyIO::goflat.3 \
Bio::OntologyIO::obo.3 \
Bio::OntologyIO::simplehierarchy.3 \
Bio::OntologyIO::soflat.3 \
Bio::ParameterBaseI.3 \
Bio::Perl.3 \
Bio::Phenotype::Correlate.3 \
Bio::Phenotype::MeSH::Term.3 \
Bio::Phenotype::MeSH::Twig.3 \
Bio::Phenotype::Measure.3 \
Bio::Phenotype::OMIM::MiniMIMentry.3 \
Bio::Phenotype::OMIM::OMIMentry.3 \
Bio::Phenotype::OMIM::OMIMentryAllelicVariant.3 \
Bio::Phenotype::OMIM::OMIMparser.3 \
Bio::Phenotype::Phenotype.3 \
Bio::Phenotype::PhenotypeI.3 \
Bio::PhyloNetwork.3 \
Bio::PhyloNetwork::Factory.3 \
Bio::PhyloNetwork::FactoryX.3 \
Bio::PhyloNetwork::GraphViz.3 \
Bio::PhyloNetwork::RandomFactory.3 \
Bio::PhyloNetwork::TreeFactory.3 \
Bio::PhyloNetwork::TreeFactoryMulti.3 \
Bio::PhyloNetwork::TreeFactoryX.3 \
Bio::PhyloNetwork::muVector.3 \
Bio::PopGen::Genotype.3 \
Bio::PopGen::GenotypeI.3 \
Bio::PopGen::HtSNP.3 \
Bio::PopGen::IO.3 \
Bio::PopGen::IO::csv.3 \
Bio::PopGen::IO::hapmap.3 \
Bio::PopGen::IO::phase.3 \
Bio::PopGen::IO::prettybase.3 \
Bio::PopGen::Individual.3 \
Bio::PopGen::IndividualI.3 \
Bio::PopGen::Marker.3 \
Bio::PopGen::MarkerI.3 \
Bio::PopGen::PopStats.3 \
Bio::PopGen::Population.3 \
Bio::PopGen::PopulationI.3 \
Bio::PopGen::Simulation::Coalescent.3 \
Bio::PopGen::Simulation::GeneticDrift.3 \
Bio::PopGen::Statistics.3 \
Bio::PopGen::TagHaplotype.3 \
Bio::PopGen::Utilities.3 \
Bio::PrimarySeq.3 \
Bio::PrimarySeqI.3 \
Bio::PullParserI.3 \
Bio::Range.3 \
Bio::RangeI.3 \
Bio::Restriction::Analysis.3 \
Bio::Restriction::Enzyme.3 \
Bio::Restriction::Enzyme::MultiCut.3 \
Bio::Restriction::Enzyme::MultiSite.3 \
Bio::Restriction::EnzymeCollection.3 \
Bio::Restriction::EnzymeI.3 \
Bio::Restriction::IO.3 \
Bio::Restriction::IO::bairoch.3 \
Bio::Restriction::IO::base.3 \
Bio::Restriction::IO::itype2.3 \
Bio::Restriction::IO::prototype.3 \
Bio::Restriction::IO::withrefm.3 \
Bio::Root::Build.3 \
Bio::Root::Exception.3 \
Bio::Root::HTTPget.3 \
Bio::Root::IO.3 \
Bio::Root::Root.3 \
Bio::Root::RootI.3 \
Bio::Root::Storable.3 \
Bio::Root::Test.3 \
Bio::Root::Test::Warn.3 \
Bio::Root::Utilities.3 \
Bio::Root::Version.3 \
Bio::Search::BlastStatistics.3 \
Bio::Search::BlastUtils.3 \
Bio::Search::DatabaseI.3 \
Bio::Search::GenericDatabase.3 \
Bio::Search::GenericStatistics.3 \
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Bio::Search::HSP::BlastPullHSP.3 \
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# now install all extra stuff (docs, examples, scripts, models)
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