mirror/freebsd-ports
1
0
Fork 0
mirror of https://git.FreeBSD.org/ports.git synced 2025-02-03 11:12:13 +00:00
Code Issues Releases Activity
freebsd-ports/biology
History
Antoine Brodin 6a226290f3 biology/py-pybigwig: remove, duplicate of biology/py-bigwig
2021-10-13 18:57:58 +00:00
..
abyss
cleanup: drop support for EOL FreeBSD 11.X
2021-09-30 23:23:30 +02:00
ad2vcf
…
artemis
…
avida
…
babel
…
bamtools
…
bamutil
biology/bamutil: Utilities for working with SAM/BAM files
2021-10-12 11:40:35 -05:00
bbmap
…
bcftools
…
bedtools
…
bfc
…
bioawk
…
biococoa
…
biolibc
…
biolibc-tools
…
bioparser
…
biosig
…
biosoup
…
biostar-tools
biology/biostar-tools: Add biology/bamutil to metaport deps
2021-10-12 11:43:08 -05:00
bolt-lmm
…
bowtie
…
bowtie2
…
bwa
…
canu
…
cd-hit
…
cdbfasta
…
checkm
…
clustal-omega
…
clustalw
…
cufflinks
…
cytoscape
…
ddocent
cleanup: drop support for EOL FreeBSD 11.X
2021-09-30 23:23:30 +02:00
diamond
biology/diamond: Update to 2.0.12
2021-10-12 12:40:55 -03:00
dsr-pdb
…
edlib
…
emboss
…
erminej
…
exonerate
…
fasta
…
fasta3
…
fastahack
…
fastdnaml
…
fastool
…
fastp
…
fastqc
…
fasttree
…
fastx-toolkit
…
figtree
…
flash
…
fluctuate
…
freebayes
…
garlic
…
gatk
…
gcta
…
gemma
…
generand
…
gff2ps
…
gmap
…
gperiodic
…
graphlan
…
groopm
…
haplohseq
…
hhsuite
…
hisat2
…
hmmer
…
htslib
…
hyphy
biology/hyphy: Enable on aarch64.
2021-10-08 18:27:33 +02:00
igv
cleanup: drop support for EOL FreeBSD 11.X
2021-09-30 23:23:30 +02:00
infernal
…
iolib
…
iqtree
…
jalview
cleanup: drop support for EOL FreeBSD 11.X
2021-09-30 23:23:30 +02:00
jellyfish
*: Clean up some things
2021-10-12 17:01:38 +02:00
kallisto
…
lamarc
…
libbigwig
…
libgtextutils
…
libneurosim
biology/libneurosim: New port: Common interfaces for neuronal simulators
2021-10-08 10:20:27 -07:00
libnuml
…
libsbml
…
libsedml
…
linux-foldingathome
…
mafft
…
mapm3
…
migrate
…
minimap2
…
mmseqs2
…
molden
…
mopac
…
mothur
…
mrbayes
…
mummer
…
muscle
…
ncbi-blast+
…
ncbi-cxx-toolkit
biology/ncbi-cxx-toolkit: Update 25.0.0 -> 25.2.0
2021-10-01 00:14:37 -07:00
ncbi-entrez-direct
…
ncbi-toolkit
…
ncbi-vdb
…
ngs-sdk
…
p5-AcePerl
…
p5-Bio-ASN1-EntrezGene
…
p5-Bio-Cluster
…
p5-Bio-Coordinate
…
p5-Bio-Das
…
p5-Bio-Das-Lite
…
p5-Bio-DB-EMBL
…
p5-Bio-DB-NCBIHelper
…
p5-Bio-FeatureIO
…
p5-Bio-GFF3
…
p5-Bio-Glite
…
p5-Bio-Graphics
…
p5-Bio-MAGETAB
…
p5-Bio-NEXUS
…
p5-Bio-Phylo
…
p5-Bio-SCF
…
p5-Bio-Variation
…
p5-BioPerl
…
p5-BioPerl-Run
…
p5-transdecoder
…
p5-TrimGalore
…
paml
…
pbbam
…
pbseqan
…
peak-classifier
…
pear-merger
…
phrap
…
phred
…
phyml
…
picard-tools
…
plink
…
pooler
biology/pooler: fix build on powerpc
2021-10-06 20:52:30 +00:00
primer3
…
prodigal
…
prodigy-lig
…
protomol
…
psi88
…
py-bigwig
…
py-biom-format
…
py-biopython
biology/py-biopython: Update to 1.79
2021-10-12 14:43:04 +08:00
py-bx-python
…
py-crossmap
…
py-cutadapt
…
py-deeptoolsintervals
biology/py-deeptoolsintervals: Python interface for deepTools interval trees
2021-10-13 11:02:13 -05:00
py-dnaio
…
py-ete3
…
py-Genesis-PyAPI
…
py-gffutils
…
py-goatools
…
py-gtfparse
…
py-hits
…
py-libnuml
…
py-libsedml
…
py-loompy
…
py-macs2
…
py-multiqc
…
py-ont-fast5-api
…
py-orange3-bioinformatics
…
py-orange3-single-cell
…
py-pandas-charm
…
py-py2bit
biology/py-py2bit: Python interface for 2bit packed nucleotide files
2021-10-13 07:53:53 -05:00
py-pyfaidx
…
py-pysam
…
py-PySCeS
…
py-python-libsbml
…
py-pywgsim
…
py-resdk
…
py-scikit-bio
…
py-xenaPython
…
pyfasta
…
python-nexus
…
rainbow
…
rampler
…
readseq
…
recombine
…
ruby-bio
…
rubygem-bio
…
rubygem-bio-executables
…
rubygem-bio-old-biofetch-emulator
…
rubygem-bio-shell
…
sam2pairwise
…
samtools
…
scrm
…
seaview
…
seqan
…
seqan1
…
seqan3
…
seqan-apps
*/*: Remove compiler:openmp from Mk/Uses/compiler.mk
2021-10-03 19:47:27 +02:00
seqio
…
seqkit
…
seqtk
…
sigviewer
…
sim4
…
slclust
…
smithwaterman
…
snpeff
…
spoa
…
sra-tools
…
stacks
…
star
…
stringtie
…
subread
…
tabixpp
…
taxonkit
…
treekin
…
treepuzzle
…
trimadap
…
trimmomatic
…
tRNAscan-SE
…
ucsc-userapps
…
ugene
…
unikmer
biology/unikmer: Update 0.18.4 -> 0.18.8
2021-09-26 01:54:07 -07:00
vcf2hap
…
vcf-split
…
vcflib
…
vcftools
biology/vcftools: Add CPE information
2021-09-25 20:28:38 +00:00
velvet
…
viennarna
…
vsearch
…
vt
…
wise
…
Makefile
biology/py-pybigwig: remove, duplicate of biology/py-bigwig
2021-10-13 18:57:58 +00:00