mirror/freebsd-ports
1
0
Fork 0
mirror of https://git.FreeBSD.org/ports.git synced 2025-02-08 12:01:56 +00:00
Code Issues Releases Activity
freebsd-ports/biology
History
Jason W. Bacon fee1d76936 biology/bowtie2: Update to 2.5.2 
A few bug fixes
Changes: https://github.com/BenLangmead/bowtie2/releases

Reported by:    portscout
2023-10-18 07:26:11 -05:00
..
abyss
…
ad2vcf
…
artemis
…
atac-seq
…
augustus
*/*: chase the upgrade of SuiteSparse
2023-10-15 11:03:17 +02:00
avida
…
babel
…
bamtools
…
bamutil
…
barrnap
…
bbmap
…
bcf-score
…
bcftools
…
bedtools
…
bfc
…
bifrost
…
bio-mocha
…
bioawk
…
biococoa
…
biolibc
…
biolibc-tools
…
bioparser
…
biosig
*/*: chase the upgrade of SuiteSparse
2023-10-15 11:03:17 +02:00
biosoup
…
biostar-tools
…
bolt-lmm
…
bowtie
…
bowtie2
biology/bowtie2: Update to 2.5.2
2023-10-18 07:26:11 -05:00
btllib
…
bwa
…
canu
…
cd-hit
…
cdbfasta
…
checkm
…
chip-seq
…
clustal-omega
…
clustalw
…
cufflinks
…
cytoscape
…
ddocent
…
diamond
…
dsr-pdb
…
edlib
…
emboss
…
erminej
…
exonerate
…
fasda
…
fasta
…
fasta3
…
fastahack
…
fastdnaml
…
fastool
…
fastp
…
fastq-trim
…
fastqc
…
fasttree
…
fastx-toolkit
…
figtree
…
flash
…
fluctuate
…
freebayes
…
garlic
…
gatk
…
gcta
biology/gcta: Add temporary hack for building on aarch64
2023-10-15 06:49:05 -05:00
gemma
…
generand
…
gff2ps
…
gffread
…
gmap
…
gperiodic
…
graphlan
…
groopm
…
haplohseq
…
hhsuite
…
hisat2
…
hmmer
…
htslib
…
hyphy
…
igv
…
infernal
…
iolib
…
iqtree
…
jalview
…
jellyfish
…
kallisto
…
kmcp
…
lamarc
…
libbigwig
…
libcombine
…
libgff
…
libgtextutils
…
libneurosim
…
libnuml
…
libsbml
…
libsedml
…
linux-foldingathome
…
locarna
…
mafft
…
mapm3
…
mashmap
biology/mashmap: disable on powerpc
2023-10-11 20:26:35 +02:00
megahit
…
metaeuk
…
migrate
…
minimap2
…
mmseqs2
…
molden
…
mothur
…
mrbayes
…
mummer
…
muscle
…
ncbi-blast+
…
ncbi-cxx-toolkit
…
ncbi-entrez-direct
…
ncbi-toolkit
…
ncbi-vdb
…
ngs-sdk
…
p5-AcePerl
…
p5-Bio-ASN1-EntrezGene
…
p5-Bio-Cluster
…
p5-Bio-Coordinate
…
p5-Bio-Das
…
p5-Bio-Das-Lite
…
p5-Bio-DB-EMBL
…
p5-Bio-DB-NCBIHelper
…
p5-Bio-FeatureIO
…
p5-Bio-GFF3
…
p5-Bio-Glite
…
p5-Bio-Graphics
…
p5-Bio-MAGETAB
…
p5-Bio-NEXUS
…
p5-Bio-Phylo
…
p5-Bio-SCF
…
p5-Bio-Variation
…
p5-BioPerl
…
p5-BioPerl-Run
…
p5-transdecoder
…
p5-TrimGalore
…
paml
…
pbbam
…
pbseqan
…
peak-classifier
…
pear-merger
…
phrap
…
phred
…
phyml
…
picard-tools
…
plink
…
pooler
…
primer3
…
prodigal
…
prodigy-lig
…
protomol
…
psi88
…
py-bcbio-gff
…
py-biom-format
…
py-biopython
…
py-biosig
…
py-bx-python
…
py-crossmap
…
py-cutadapt
…
py-deeptools
…
py-deeptoolsintervals
…
py-dna-features-viewer
…
py-dnaio
…
py-ete3
…
py-Genesis-PyAPI
…
py-gffutils
…
py-goatools
…
py-gtfparse
…
py-hits
…
py-htseq
…
py-libnuml
…
py-libsedml
…
py-loompy
…
py-macs2
…
py-mrcfile
…
py-multiqc
…
py-ont-fast5-api
…
py-orange3-bioinformatics
…
py-orange3-single-cell
…
py-pandas-charm
…
py-py2bit
…
py-pybigwig
…
py-pyfaidx
…
py-pyrodigal
…
py-pysam
…
py-PySCeS
…
py-python-libsbml
…
py-pywgsim
…
py-resdk
…
py-scikit-bio
…
py-valerius
…
py-xenaPython
…
pyfasta
…
python-nexus
…
rainbow
…
rampler
…
readseq
…
recombine
…
rna-seq
…
ruby-bio
…
rubygem-bio
…
rubygem-bio-executables
…
rubygem-bio-old-biofetch-emulator
…
rubygem-bio-shell
…
salmon
…
sam2pairwise
…
samtools
…
scrm
…
seaview
…
seqan
…
seqan1
…
seqan3
…
seqan-apps
…
seqio
…
seqkit
…
seqtk
…
seqwish
…
sigviewer
…
sim4
…
slclust
…
smithwaterman
…
snpeff
…
spoa
…
sra-tools
…
stacks
…
star
…
stringtie
…
subread
…
tabixpp
…
taxonkit
…
treekin
…
treepuzzle
…
trimadap
…
trimmomatic
…
tRNAscan-SE
…
ucsc-userapps
…
ugene
…
unikmer
…
vcf2hap
…
vcf-split
…
vcflib
…
vcftools
…
velvet
…
viennarna
…
vsearch
…
vt
…
wfa2-lib
…
wise
…
Makefile
…