mirror/freebsd-ports
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mirror of https://git.FreeBSD.org/ports.git synced 2025-02-07 11:49:40 +00:00
Code Issues Releases Activity
freebsd-ports/biology
History
Ganael LAPLANCHE b4b8dbee42 Update devel/tbb to 2020.3 and bump dependent ports' revisions 
Changelog: https://github.com/oneapi-src/oneTBB/blob/v2020.3/CHANGES
2020-07-17 10:12:25 +00:00
..
abyss
Chanse update of devel/libffi
2020-07-04 18:11:42 +00:00
artemis
…
avida
…
babel
…
bamtools
…
bcftools
…
bedtools
…
bioawk
…
biococoa
…
bolt-lmm
…
bowtie
…
bowtie2
Update devel/tbb to 2020.3 and bump dependent ports' revisions
2020-07-17 10:12:25 +00:00
bwa
…
canu
…
cd-hit
…
cdbfasta
…
checkm
…
clustal-omega
…
clustalw
…
cufflinks
biology/cufflinks: fix build on GCC architectures
2020-07-08 10:37:07 +00:00
cytoscape
…
ddocent
…
diamond
…
dsr-pdb
…
emboss
…
exonerate
…
fasta
…
fasta3
…
fastahack
…
fastdnaml
…
fastool
…
fastp
…
fastqc
…
fasttree
…
fastx-toolkit
…
figtree
…
fluctuate
…
freebayes
…
garlic
…
gatk
biology/gatk: Update 4.1.7.0 -> 4.1.8.0
2020-07-09 00:40:56 +00:00
gcta
…
gemma
…
gff2ps
…
gmap
…
gperiodic
…
graphlan
…
grappa
…
groopm
…
haplohseq
…
hhsuite
…
hisat2
…
hmmer
…
htslib
…
hyphy
…
igv
…
infernal
…
iolib
…
iqtree
…
jalview
…
jellyfish
…
kallisto
…
lagan
…
lamarc
…
libbigwig
…
libgtextutils
…
libsbml
…
linux-foldingathome
…
mafft
…
mapm3
…
migrate
…
minimap2
…
molden
…
mopac
…
mothur
…
mrbayes
…
mummer
…
muscle
…
ncbi-blast+
…
ncbi-cxx-toolkit
…
ncbi-toolkit
…
ngs-sdk
…
p5-AcePerl
…
p5-Bio-ASN1-EntrezGene
…
p5-Bio-Cluster
…
p5-Bio-Coordinate
…
p5-Bio-Das
…
p5-Bio-Das-Lite
…
p5-Bio-DB-EMBL
…
p5-Bio-DB-NCBIHelper
…
p5-Bio-FeatureIO
…
p5-Bio-GFF3
…
p5-Bio-Glite
…
p5-Bio-Graphics
…
p5-Bio-MAGETAB
…
p5-Bio-NEXUS
…
p5-Bio-Phylo
…
p5-Bio-SCF
…
p5-Bio-Variation
…
p5-BioPerl
…
p5-BioPerl-Run
…
p5-transdecoder
…
p5-TrimGalore
…
paml
…
pbbam
…
pbcopper
…
pbseqan
…
pear-merger
…
phrap
…
phred
…
phylip
…
phyml
biology/phyml: update to 3.3.20200621
2020-07-10 09:45:48 +00:00
picard-tools
…
plink
…
primer3
…
prodigal
…
prodigy-lig
…
protomol
…
psi88
biology/psi88: Unbreak build with GCC 10
2020-07-04 12:15:58 +00:00
py-biom-format
…
py-biopython
…
py-bx-python
…
py-cutadapt
…
py-dnaio
…
py-ete3
…
py-fastTSNE
…
py-Genesis-PyAPI
…
py-gffutils
Unbreak bulk -a
2020-07-14 07:59:28 +00:00
py-gtfparse
…
py-hits
…
py-loompy
…
py-macs2
…
py-multiqc
…
py-orange3-bioinformatics
…
py-orange3-single-cell
…
py-pandas-charm
…
py-pyfaidx
…
py-pysam
…
py-scikit-bio
…
py-xenaPython
…
pyfasta
…
python-nexus
…
rainbow
…
recombine
…
ruby-bio
…
rubygem-bio
…
samtools
…
scrm
…
seaview
…
seqan
…
seqan1
…
seqan-apps
…
seqio
…
seqtk
…
sim4
…
slclust
…
smithwaterman
…
stacks
…
star
…
stringtie
…
subread
…
tabixpp
…
tophat
…
treekin
…
treepuzzle
…
trimadap
…
trimmomatic
…
tRNAscan-SE
…
ugene
…
vcflib
…
vcftools
…
velvet
…
viennarna
…
vsearch
…
vt
…
wise
…
Makefile
…